Ben10进化人指挥官的结局是成功击败了终极恶人Vilgax，拯救了地球。同时，Ben也意识到自己的责任和成长，更加懂得珍惜和利用手中的力量。最后，Ben和他的团队继续保护地球和和平，为美好的未来继续前进。