企业补充养老保险的计算方式是根据员工工资基数和社会平均工资水平来进行的。

1. 养老保险是按照员工所在地区的社会平均工资水平进行计算的。

如果员工的工资基数低于社会平均工资水平，企业需要补充支付差额部分，以保证员工能够达到社会最低养老保险标准。

2. 具体计算方式可能会因地区不同而略有差别，但一般是将员工工资基数与社会平均工资水平进行比较，差额部分按一定比例进行补充缴纳。

3. 补充养老保险的计算公式一般是：企业补充养老保险额 = 社会平均工资水平 - 员工工资基数。

总结：企业补充养老保险的计算是基于员工工资基数与社会平均工资水平的比较，根据差额部分来确定补充缴纳的金额。

不同地区可能会有略微的差别，具体计算方式请参照相关规定。