网上食品交易第三方备案申请流程如下：

1.登录网上食品流通追溯系统和国家食品药品监管总局网站；

2.填写企业信息和备案申请表；

3.上传相关证明材料（如营业执照、负责人身份证、经营许可证等）；

4.进行网上支付，提交备案申请。

申请成功后，备案材料将被审核，审核通过后便可以在食品药品监管部门的官网进行查询和公示，用户也可在第三方平台上查看相应的备案编号和备案信息。